Ligesom man kan lave modeller af atomer, kan man også lave modeller af molekyler. Man kan tegne dem enten på computer eller i hånden. Man kan også bruge LEGO-klodser eller molekylebyggesæt, som er lavet i træ eller plastik. Fælles for modellerne er, at de kan bruges til at beskrive nogle dele af molekylet. Men ingen molekylemodel kan forklare alt på én gang.

Nu vil vi gennemgå nogle modeller ved at tage udgangspunkt i molekylerne for vand, methan, som er en gas, og alkoholen ethanol, som er den type alkohol, der findes i alkoholiske drikke.